Nel medioevo il sistema giudiziario prevedeva sanzioni pecuniarie o patrimoniali, pene corporali, amputazioni o la morte del condannato. Le prigioni erano utilizzate quasi esclusivamente per imputati in attesa di giudizio e solo raramente il condannato scontava la sua pena con la reclusione. Per questo motivo le strutture erano di modeste dimensioni rispetto a quelle moderne. A Lucca le più antiche prigioni erano ricavate in alcune arcate dell’antico anfiteatro romano ed erano dette 'del Sasso'. Nel Trecento, per un certo periodo, il Comune affittò una torre e una casa dentro l’Augusta per ospitarvi i carcerati ma successivamente si tornò alle antiche “grotte” malsane dell’anfiteatro.
Solo nel ottobre 1539 il Consiglio Generale provvide a trasferire le prigioni del Sasso in un edificio contiguo alla chiesa di S. Dalmazio.
Il Palazzo degli Anziani ebbe tuttavia delle proprie prigioni ospitate nel sottotetto del nuovo corpo edificato da Ammannati alla fine del Cinquecento e nella Torre. Erano utilizzate per carcerati speciali che dovevano essere giudicati in via eccezionale dalle massime magistrature della Repubblica, dagli Anziani o dal Magistrato de’ Segretari. Ancora oggi su alcuni muri di quei locali sono leggibili graffiti e scritte lasciati da prigionieri dei secoli XVII e XVIII.