L’archivio della Repubblica di Lucca era organizzato in tre settori differenti, due dei quali ospitati nel Palazzo degli Anziani. Il primo, la Tarpea, era l’archivio segreto della Repubblica, vi si conservavano i documenti più importanti, i diplomi degli imperatori, gli statuti, la corrispondenza con i governi stranieri, insieme a molti altri oggetti preziosi, codici, argenterie e gioielli. La Tarpea sorvegliata dal Cancelliere Maggiore era sistemata nel mezzanino dell’ala centrale del Palazzo.
Il secondo era l’archivio del Governo, formato dagli archivi singole magistrature della Repubblica. Dal 1369 fino alla fine della Repubblica queste carte furono conservate presso le cancellerie nei vari locali del Palazzo da queste occupati.
Il terzo settore era l’antica Camera librorum, poi detta Archivio dei Notai, che aveva sede, dal 1377, in alcuni edifici ed una torre che sorgevano nella zona meridionale di Piazza Napoleone. Vi si conservavano i protocolli notarili, i libri dei tribunali e delle magistrature fiscali. I Lucchesi furono sempre molto gelosi della conservazione dei loro documenti che dimostravano i possedimenti dello Stato, garantivano quelli dei cittadini, ma soprattutto permettevano il reciproco controllo dell’operato fra le magistrature.
Nel 1542 fu istituito dal Consiglio Generale l’Offizio Sopra le Scritture, formato da tre cittadini che dovevano sorvegliare sulla conservazione e l’ordinamento dei documenti dello Stato. Per capire quanto i Lucchesi fossero attaccati alle loro carte basti ricordare come nel 1743 il Cancelliere Marco Antonio Loriani fu condannato alla decapitazione per aver rubato e rivenduto come carta straccia una notevole quantità di documenti, solo in parte poi recuperati. Nel periodo napoleonico gli archivi soffrirono trasferimenti e danneggiamenti. Dal 1822, con l’acquisto del Palazzo Guidiccioni, per volontà di Maria Luisa di Borbone furono riversati nella nuova sede, l’Archivio di Stato, dove ancora oggi sono consultabili.