Il Consiglio degli Anziani era già presente nell’ordinamento del Comune di Lucca dal secolo XIII ed era composto da dieci membri: nove Anziani e un Gonfaloniere. A questo organo era demandato principalmente il potere esecutivo. Poco dopo la Liberazione di Lucca nel 1370, agli Anziani fu attribuito il titolo di vicari imperiali, come riconoscimento della suprema autorità che esercitavano per conto dell’Imperatore del Sacro Romano Impero. Da questo momento il Gonfaloniere assunse la carica di capo dello Stato. Gli Anziani restavano in carica due mesi nei quali non si potevano allontanare liberamente se non per le uscite ufficiali (era previsto tuttavia che almeno sette membri del collegio restassero nel Palazzo). Nel XVIII secolo gli Anziani vestivano una lunga toga nera con una stola rossa che scendeva dalla spalla sinistra e un'ampia parrucca. Il Gonfaloniere si distingueva per la toga rossa di damasco o velluto (a seconda della stagione) sempre con stola rossa e un berretto simile a quello dei cardinali. Uscendo dal Palazzo portava un cappello largo rosso con trina dorata intorno. Sotto la toga il Gonfaloniere vestiva una giubba sempre rossa con grandi polsini ricamati in oro.
Il Consiglio Generale era il parlamento della Repubblica di Lucca, massimo organo legislativo, le cui origini si perdono all’inizio del XIII secolo. Nato originariamente da due distinte assemblee, il Consiglio Maggiore o di San Michele in Foro di 550 membri e il Consiglio di San Pietro Maggiore di 250. Con lo statuto del 1372 fu ridotto a un unico organo di 180 consiglieri eletti, presieduto dal Gonfaloniere e dagli Anziani. Il Consiglio discuteva e votava ogni aspetto della vita dello Stato, distribuiva gli incarichi pubblici, eleggeva commissioni, demandava determinate materie ad un consiglio più piccolo, detto dei Trentasei, più snello e di più facile convocazione. Dalla fine del XVI secolo fino alla fine della Repubblica si riunì regolarmente in un salone nella zona nord del Palazzo vicino alla Gabella. Con la ristrutturazione del XVIII secolo il Consiglio si spostò nella sala dell’udienza del Gonfaloniere trasformata poi da Maria Luisa di Borbone nella sala delle Guardie del Quartiere del Trono.