Gli appartamenti degli Anziani si trovavano al piano nobile dell’ala centrale del Palazzo lungo il Cortile fino all’estremità verso S. Romano. Questa parte dell’edificio, ristrutturata nella prima metà del Cinquecento, è oggi occupata dalle ultime quattro sale del Quartiere del Trono. Gli appartamenti erano composti da dieci camere, una cappella, una sala da pranzo, una galleria di collegamento centrale e, dopo i lavori dell'Ammannati, anche da un’altra galleria a loggiato aperta sul cortile. Le camere, ad eccezione di quella del Gonfaloniere, avevano nomi precisi: di S. Pietro, del Volto Santo, di S. Paolino, di S. Martino, di S. Regolo, di S. Pantaleone, di S. Alessandro e di S. Silao. La Cappella si affacciava sulla piazza S. Romano.
Con la costruzione dell’ala settentrionale del Palazzo nella prima metà del XVIII secolo, dieci nuove sale furono adibite ad appartamenti estivi degli Anziani. Le vecchie camere continuarono ad essere utilizzate nel periodo invernale quando erano più confortevoli.